5.0版本对模块的功能做了灵活设计，默认采用多模块的架构，并且支持单一模块设计，所有模块的命名空间均以app作为根命名空间（可配置更改）。
标准的应用和模块目录结构如下：
├─application 应用目录（可设置）
│ ├─common 公共模块目录（可选）
│ ├─common.php 公共函数文件
│ ├─route.php 路由配置文件
│ ├─database.php 数据库配置文件
│ ├─config.php 应用配置文件
│ ├─module1 模块1目录
│ │ ├─config.php 模块配置文件
│ │ ├─common.php 模块函数文件
│ │ ├─controller 控制器目录
│ │ ├─model 模型目录（可选）
│ │ ├─view 视图目录（可选）
│ │ └─ ... 更多类库目录
│ │
│ ├─module2 模块2目录
│ │ ├─config.php 模块配置文件
│ │ ├─common.php 模块函数文件
│ │ ├─controller 控制器目录
│ │ ├─model 模型目录（可选）
│ │ ├─view 视图目录（可选）
│ │ └─ ... 更多类库目录
遵循ThinkPHP5.0的命名规范，模块目录全部采用小写和下划线命名。
模块名称请避免使用PHP保留关键字（保留字列表参见 http://php.net/manual/zh/reserved.keywords.php ），否则会造成系统错误。
其中common模块是一个特殊的模块，默认是禁止直接访问的，一般用于放置一些公共的类库用于其他模块的继承。
一个模块下面的类库文件的命名空间统一以app\模块名开头，例如：
// index模块的Index控制器类
app\index\controller\Index
// index模块的User模型类
app\index\model\User
其中app可以通过定义的方式更改，例如我们在应用配置文件中修改：
'app_namespace' => 'application',那么，index模块的类库命名空间则变成：
// index模块的Index控制器类
application\index\controller\Index
// index模块的User模型类
application\index\model\User更多的关于类库和命名空间的关系可以参考下一章节：命名空间。
由于默认是采用多模块的支持，所以多个模块的情况下必须在URL地址中标识当前模块，如果只有一个模块的话，可以进行模块绑定，方法是应用的入口文件中添加如下代码：
// 绑定当前访问到index模块
define('BIND_MODULE','index');绑定后，我们的URL访问地址则变成：
http://serverName/index.php/控制器/操作/[参数名/参数值...]
访问的模块是index模块。
如果你的应用比较简单，模块和控制器都只有一个，那么可以在应用公共文件中绑定模块和控制器，如下：
// 绑定当前访问到index模块的index控制器
define('BIND_MODULE','index/index');设置后，我们的URL访问地址则变成：
http://serverName/index.php/操作/[参数名/参数值...]
访问的模块是index模块，控制器是Index控制器。
如果你的应用比较简单，只有唯一一个模块，那么可以进一步简化成使用单一模块结构，方法如下：
首先在应用配置文件中定义：
// 关闭多模块设计
'app_multi_module' => false,然后，调整应用目录的结构为如下：
├─application 应用目录（可设置）
│ ├─controller 控制器目录
│ ├─model 模型目录
│ ├─view 视图目录
│ ├─ ... 更多类库目录
│ ├─common.php 函数文件
│ ├─route.php 路由配置文件
│ ├─database.php 数据库配置文件
│ └─config.php 配置文件URL访问地址变成
http://serverName/index.php（或者其它应用入口）/控制器/操作/[参数名/参数值...]
同时，单一模块设计下的应用类库的命名空间也有所调整，例如：
原来的
app\index\controller\Index
app\index\model\User变成
app\controller\Index
app\model\User更多的URL简化和定制还可以通过URL路由功能实现。